新冠JN.1 COVID-19疫苗自去(2024)年10月1日起提供民眾接種，但疫苗保護力會隨著時間遞減，疾管署表示，將自今(2025)年4月8日起提供65歲以上長者、55-64歲原住民、出生滿6個月以上且有免疫不全以及免疫力低下患者再增加接種1劑JN.1 COVID-19疫苗，與前1劑間隔至少6個月(180天)，符合接種資格民眾可接種。
疾管署說明，包括目前正進行或1年內曾接受免疫抑制治療之癌症患者、器官移植患者/幹細胞移植患者、中度/嚴重先天性免疫不全患者、洗腎患者、人類免疫缺乏病毒感染患者、目前正使用高度免疫抑制藥物者、過去6個月內接受化學治療或放射線治療者，以及其他經醫師評估有免疫不全或免疫力低下者都可接種1劑JN.1 COVID-19疫苗。
JN.1 COVID-19疫苗截至3月17日已累計接種204.3萬人次，全國接種率8.6%。由於新冠病毒傳播風險持續，且國內新冠併發重症本土及死亡病例多數皆未接種JN.1 COVID-19疫苗，疾管署呼籲民眾不要因曾感染過新冠、曾接種先前新冠疫苗而輕忽新冠疾病侵襲威脅。
而目前提供之Moderna及Novavax兩種廠牌均安全且可有效對抗目前主流病毒株，如為滿12歲以上未接種JN.1 COVID-19疫苗者可從兩種廠牌擇一接種，而滿6個月以上至11歲兒童依核准適應症僅限接種Moderna JN.1 COVID-19疫苗。
